Le metodologie scientifiche
I siti archeologici rinvenuti nei laghi e nelle zone umide costituiscono archivi straordinari per gli studi delle scienze naturali, in particolare per le bioscienze (l'archeobiologia e l'archeozoologia), la paleolimnologia (lo studio delle acque interne e dei loro ecosistemi) e la ricerca sul clima. Altre discipline scientifiche che vengono applicate nella ricerca sulle palafitte sono la palinologia (analisi dei pollini), la sedimentologia e la pedologia (analisi dei sedimenti e dei suoli), la malacologia e l'entomologia (lo studio dei molluschi e degli insetti). Di grande importanza è anche la possibilità data dalla dendrocronologia di attribuire a un preciso periodole sequenze anulari presenti nel legname da costruzione conservatosi.
L'archeobiologia e l'archeozoologia
Non sono molte le altre tipologie di siti archeologici in Europa ad avere condizioni di conservazione così favorevoli come i siti palafitticoli. Questo vale per i resti ossei dei mammiferi, degli uccelli, degli anfibi e dei pesci e anche per i resti delle piante coltivate e della vegetazione spontanea presente nei dintorni degli insediamenti. Al contrario, le povere condizioni di conservazione nei siti all'asciutto creano una distorsione nell'insieme delle piante presenti, perché vengono sovrastimate quelle specie che hanno una più alta probabilità di venire bruciate. Ciò succede, per esempio, coi cereali. Le erbe selvatiche e le piante da raccolta, al contrario, sono sotto rappresentate. Di conseguenza gli insediamenti spondali ci aiutano anche a interpretare I ritrovamenti dei siti all'asciutto.
La dendrocronologia
I numerosi resti di legname da costruzione costituiscono la condizione ideale per la datazione assoluta di precisione all’anno solare con la dendrocronologia sia delle singole abitazioni sia dei villaggi interi: la struttura del legno è conservata, cosicché gli anelli di accrescimento possono essere facilmente misurati. La loro sequenza è come un codice a barre che registra la successione di anni favorevoli o sfavorevoli all’accrescimento.
È il confronto della curva dendrocronologica ottenuta dalla misurazione con le curve standard appropriate a rivelare l’esatta collocazione sulla scala temporale. Se è conservato l’ultimo anello sotto corteccia, è possibile individuare l’anno preciso in cui l’albero originario è stato abbattuto.
Più di 100.000 elementi lignei palafitticoli sono già stati datati con questo metodo. Ciò non solo permette di ricostruire la storia dell’edificazione dei villaggi con precisione annuale, ma anche di datare i reperti archeologici rinvenuti con una precisione che è unica nel mondo intero. Infine, in molti casi i siti palafitticoli hanno un grande potenziale per la ricerca sui futuri cambiamenti climatici. L’analisi degli anelli di accrescimento permette una visione insostituibile delle condizioni climatiche e ambientali.